Approches génomiques de l’interaction Ostreococcus tauri-Prasinovirus - Faculté des Sciences de Sorbonne Université Accéder directement au contenu
Thèse Année : 2022

Genomic approaches to the Ostreococcus tauri-Prasinovirus interaction

Approches génomiques de l’interaction Ostreococcus tauri-Prasinovirus

Julie Thomy
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 1241397
  • IdRef : 265423449

Résumé

In marine ecosystems, phytoplankton population is subject to infection by giant viruses affiliated with the phylum Nucleocytoviricota. We focused on one of the most abundant and widespread host–virus systems in coastal marine regions: Ostreococcus tauri–Prasinovirus. In culture, the emergence of resistance in virus-sensitive microalgae has been observed and appears to be the product of important structural variations in a chromosome specialised in 'immunity', called the SOC (small outlier chromosome). In this context, we sought to gain knowledge on the genetic basis of resistance to prasinoviruses through a genomic approach. This work provided a preliminary description of the activity of retroelements in O. tauri strain RCC1115, attesting to their importance in the and evolution of microalgal genomes. The second objective of this thesis was to describe the genomic diversity and mechanisms underlying the evolution of host range of O. tauri-infecting viruses (OtVs). We suggest that host range evolution in prasinoviruses is primarily mediated through rapid gene exchange and recombination in genes involved host recognition that are mainly concentrated in one genomic locus highly variable, thus shaping their diversification and evolution. Overall, this thesis work has allowed us to better describe the genomic correlates of host–virus coevolution in this system locked in an arms-race dynamic.
Dans les écosystèmes marins, la population phytoplanctonique est sujette à l'infection par des virus géants affiliés au phylum Nucleocytoviricota. Nous nous sommes concentrés sur l'un des systèmes hôte–virus les plus abondants et les plus répandus dans les régions marines côtières : Ostreococcus tauri–Prasinovirus. En culture, l'émergence d'une résistance chez les microalgues sensibles aux virus a été observée et semble être le produit de variations structurelles importantes dans un chromosome spécialisé dans « l'immunité », appelé SOC (small outlier chromosome). Dans ce contexte, nous avons cherché à acquérir des connaissances sur les bases génétiques de la résistance aux Prasinovirus par une approche génomique. Ce travail a fourni une description préliminaire de l'activité des rétroélements dans la souche RCC1115 d’O. tauri, attestant de leur importance dans l'évolution des génomes des microalgues. Le second objectif de cette thèse était de décrire la diversité génomique et les mécanismes sous-jacents à l'évolution de la gamme d'hôtes des virus infectant O. tauri (OtVs). Nous suggérons que l'évolution de la gamme d'hôtes des prasinovirus est principalement médiée par l'échange rapide et la recombinaison de gènes impliqués dans la reconnaissance de l'hôte qui sont principalement concentrés dans un locus génomique hautement variable, façonnant ainsi leur diversification et leur évolution. Globalement, ce travail de thèse nous a permis de mieux décrire les corrélats génomiques de la coévolution hôte–virus dans ce système enfermé dans une dynamique de course aux armements.
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Origine : Version validée par le jury (STAR)

Dates et versions

tel-04046461 , version 1 (26-03-2023)

Identifiants

  • HAL Id : tel-04046461 , version 1

Citer

Julie Thomy. Approches génomiques de l’interaction Ostreococcus tauri-Prasinovirus. Sciences de la Terre. Sorbonne Université, 2022. Français. ⟨NNT : 2022SORUS245⟩. ⟨tel-04046461⟩
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